La presenza dei frati minori a Como risale almeno al secolo XVI ma solo nel 1916 si stabiliscono presso la chiesetta si San Giuseppe (in via Valleggio) ricevendo dal vescovo l’incarico di svolgere l’attività parrocchiale. La Parrocchia di san Giuseppe nasce ufficialmente il 26 giugno 1956, per decreto del vescovo Borromini. Il primo parroco francescano fu padre Sergio che fece il suo ingresso il 16 marzo 1957.
La popolazione del quartiere faceva quindi riferimento alla chiesetta di san Giuseppe (vice-cura di san Bartolomeo) edificata nella seconda metà del XVI secolo probabilmente riutilizzando parti di un edificio precedente, di cui sono stati ritrovati gli affreschi datati al 1400.
La devozione alla chiesetta di san Giuseppe andava comunque oltre i confini del quartiere e si estendeva praticamente a tutta la città e si manifestava in modo particolare con la visita il giorno della festa del patrono, il 19 marzo, festa che ancora oggi è molto popolare in città e richiama “sangiuseppini” di vecchia e nuova data. In epoca più recente è stato costruito il nuovo convento ora sede dell’oratorio.
Negli anni ’50-’60 la città di Como si sta ampliando verso sud, portando un incremento di abitanti: la curia, in accordo con il comune, decide di far costruire una nuova chiesa. Il Comune destina nel suo Piano Regolatore l’area accanto alle Ferrovie Nord per la costruzione di una chiesa adatta a contenere fino a 1000 persone. Ai frati minori viene affidato l’incarico di indire un concorso per la costruzione della nuova chiesa. Il concorso viene vinto dalla proposta dello studio Radice-Colombo che prevede una forma particolare: la vista dall’alto rappresenta un pesce mentre quella di fianco una vela, simboli della cristianità e della chiesa; l’interno ricorda invece la forma della tenda (“e porrà la sua tenda in mezzo a noi”).
La prima pietra fu posata dal vescovo Bonomini il 17 marzo 1963 e nel Natale del 1965 poteva essere celebrata la prima messa. Il grande crocefisso in fondo all’abside e le vetrate rappresentanti la via Crucis furono completate nel 1967.
Dietro la chiesa nuova è stata costruita la casa parrocchiale dove vive la comunità dei frati. Dopo il primo nell’incarico di parroco si sono succeduti diversi padri designati dal capitolo provinciale dei frati minori: P. Fedele, P. Grisogono, P. Gaudenzio, P. Gaudioso, P. Roberto, P. Sergio, P. Antonio. Con loro molti altri frati hanno vissuto in comunità e operato per il bene della parrocchia. Nel 2017 la Chiesa di San Giuseppe ha festeggiato i suoi primi 50 anni di storia.